Descripción: La joven Jane Doe aparece desnuda, con el cuerpo totalmente tatuado y sin recuerdos de su pasado, dentro de una bolsa de viaje abandonada en plena plaza de Times Square. El caso llama la atención del FBI, que pronto descubre que los misteriosos tatuajes que recorren su anatomía son una especie de mapa para evitar una conspiración criminal que amenaza la seguridad del país. En el final de la primera temporada Jane Doe acababa esposada pero parece que las cosas cambiaran esta temporada. A pesar de que están muy molestos con Jane, todos ellos tienen un objetivo común ahora, que es averiguar quien es la gente que hizo esto a Mayfair y tratar de averiguar de lo que se trata todo esto. Por primera vez desde el piloto, todos están operando con la misma cantidad de conocimiento. Todo el mundo va a estar en la misma página, todo el mundo tendrá acceso a toda la información que tiene Jane, y Jane tendrá toda la información que tienen.